La réunion des quatre anciennes paroisses Saint-Médard (Vieux-Doulon), Notre-Dame-de-Toutes-Aides, Saint-Jean-Baptiste et Saint-Marc (Malakoff) a été décidée à la Pentecôte 2002.
Les deux premières paroisses faisaient anciennement partie de la commune de Doulon, réunie à Nantes en 1908.
Les deux dernières avaient été détachées d’autres paroisses de Nantes.
Suite à une consultation des paroissiens, le nom de Sainte-Marie-de-Doulon a été attribué à la nouvelle paroisse lors de la remise du décret de création, la veille de la Pentecôte 2003, par Mgr Georges Soubrier, évêque de Nantes.
Sa mise en place est effective depuis le 1er septembre 2003.